《国家税务总局关于外贸企业使用增值税专用发票办理出口退税有关问题的公告》（国家税务总局公告2012年第22号）第二条第（四）款规定，《国家税务总局关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》（国家税务总局公告2011年第50号，以下简称第50号公告）规定的允许抵扣的增值税专用发票，外贸企业可凭增值税专用发票（原件丢失的，可凭增值税专用发票复印件）向主管出口退税的税务机关申报出口退税。同时，第50号公告第一条又明确，对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。又根据50号公告所印发的《逾期增值税扣税凭证抵扣管理办法》第二条规定，纳税人申请办理逾期抵扣时，应报送如下资料：（一）《逾期增值税扣税凭证抵扣申请单》。（二）增值税扣税凭证逾期情况说明。纳税人应详细说明未能按期办理认证或者申请稽核比对的原因，并加盖企业公章。其中，对客观原因不涉及第三方的，纳税人应说明的情况具体为：发生自然灾害、社会突发事件等不可抗力原因的，纳税人应详细说明自然灾害或者社会突发事件发生的时间、影响地区、对纳税人生产经营的实际影响等；纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期的，纳税人应详细说明办理搬迁时间、注销旧户和注册新户的时间、搬出及搬入地点等；企业办税人员擅自离职，未办理交接手续的，纳税人应详细说明事情经过、办税人员姓名、离职时间等，并提供解除劳动关系合同及企业内部相关处理决定。（三）客观原因涉及第三方的，应提供第三方证明或说明。具体为：企业办税人员伤亡或者突发危重疾病的，应提供公安机关、交通管理部门或者医院证明；有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，导致纳税人不能正常履行申报义务的，应提供相关司法、行政机关证明；增值税扣税凭证被盗、抢的，应提供公安机关证明；买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证的，应提供卖方出具的情况说明；邮寄丢失或者误递导致增值税扣税凭证逾期的，应提供邮政单位出具的说明。（四）逾期增值税扣税凭证电子信息。（五）逾期增值税扣税凭证复印件。

    据此，该企业申请办理逾期认证、抵扣时，应报送《逾期增值税扣税凭证抵扣申请单》、情况说明、逾期增值税扣税凭证电子信息、逾期增值税扣税凭证复印件等资料，并详细说明办税人员擅自离职事情经过、办税人员姓名、离职时间等情况，还应提供解除劳动关系合同及企业内部相关处理决定等，在经税务机关批准允许抵扣后，凭增值税专用发票向主管出口退税的税务机关申报出口退税。